Geboren wurde Clemens Königstedt 1971 in Frankfurt/Oder und erhielt mit 11 Jahren seinen erster Fagottunterricht. Von 1987 bis 1991 absolvierte er sein Musikstudium an der Hochschule für Musik „Franz Liszt“ Weimar im Fach Fagott bei Manfred Beyer. 1991 wurde er 2. Fagottist, seit 1999 ist er Kontrafagottist beim Rundfunk-Sinfonieorchester Berlin.